Кентуккі відіграв ключову роль у Громадянській війні, як місце вирішальної події Битва під Річмондом, кривава битва під Перрівілем, і як домівка для одного з найбільших афроамериканських центрів вербування та навчання в країні Кемп Нельсон.

Конфедерат Кентуккі був прийнятий до складу Конфедеративних Штатів Америки 10 грудня 1861 року.. Тимчасовий уряд у Боулінг-Гріні проіснував лише три місяці, оскільки сили Конфедерації разом із губернатором Джонсоном відступили до Теннессі в лютому 1862 року.

Незважаючи на прийняття рабства, Делавер, Кентуккі, Меріленд і Міссурі не приєдналися до Конфедерації. Хоча розділені у своїй вірності, поєднання політичного маневрування та військового тиску Союзу утримав ці штати від відділення.

Смерті громадянської війни

Деякі з жителів Кентуккі, які служили генералами Конфедерації, добре відомі в історії штату, наприклад Джон Хант Морган, Джон Белл Гуд і Альберт Сідні Джонстон. Однак, оскільки громадянська війна все далі й далі відходить у минуле, багато інших лідерів Конфедерації з Співдружності були забуті.

Солдати з Кентуккі служили в обох Армії Союзу та Конфедерації. Держава прийняла політику нейтралітету до вересня 1861 року, коли проуніоністський елемент отримав контроль над законодавчою владою. Хоча Кентуккі ніколи не виходив із Союзу, у штаті був значний проконфедеративний елемент.