Проточна цитометрія є ідеальним рішенням, щоб уникнути цих недоліків, уможливлюючи мультиплексний та кількісний аналіз сигнальних подій із більшою чутливістю та точністю, ніж вестерн-блот, лише за кілька годин.

Великою перевагою проточної цитометрії є те, що він також може демонструвати гетерогенність у кількості білка, тоді як західний блотинг може показати лише середню кількість для всієї популяції клітин.

Коли потрібно точно визначити концентрацію білка, ІФА краще. Вестерн-блот може вимірювати лише відносну кількість білка, а не абсолютну концентрацію. Процес ELISA також є більш простим методом. Він використовує менші об’єми зразків і стандартні 96-лункові планшети та забезпечує мультиплексування.

Якщо одночасно досліджуються різні типи клітин, наприклад клітини крові та тканин, багатоколірна проточна цитометрія є корисним підходом. Конкретні типи клітин позначені флуоресцентним барвником. Потім проточний цитометр сортує клітини за типом і кольором.

Процес сортування відбувається повільно; надто швидкий рух клітин може бути шкідливим, а збільшення життєздатності клітин відбувається за рахунок зниження швидкості потоку. Загальне відновлення також є досить низьким, тому дослідники повинні починати з великої кількості клітин — це не дуже добре при роботі з рідкісними клітинами.

Новий алгоритм CDC/FDA При гострих ВІЛ-інфекціях вестерн-блот на ВІЛ-1 стає позитивним у середньому через 2-3 тижні після скринінгових тестів 3-го та 4-го покоління (див. Малюнок 1). Таким чином, при гострих ВІЛ-інфекціях, коли пацієнти є найбільш заразними і відбувається велика кількість передачі, Вестерн-блот є хибнонегативним.

Дві найбільші переваги проточної цитометрії: його здатність вимірювати велику кількість параметрів (від 2 до 30 або більше) на одному зразку та його здатність збирати інформацію з мільйонів клітин за лічені секунди.