Виробництво «Апокаліпсису сьогодні» зіткнулося з численними перешкодами, включаючи заміну головних акторів, серцевий напад і практичні вимоги відтворення середовища, зруйнованого війною.

Ці проблеми включали дорогі комплекти, що руйнуються через сувору погоду, Брандо з’являється на знімальному майданчику із зайвою вагою та абсолютно непідготовленим, а Шин страждає від серцевого нападу, який майже смертельний.

Збройні сили Сполучених Штатів відмовилися позичити Френсісу Форду Копполі будь-яку військову техніку через наказ «вбити полковника Курца». Натомість Коппола був змушений запозичити місцеву військову техніку. Зйомки, спочатку заплановані на шість тижнів, зайняли 16 місяців.

Надзвичайно емоційною є сцена, де хлопця застрелюють на човні. Кілька чоловіків у човні різко плачуть у відповідь на його смерть, що робить це ще важчим спостерігати.

«Апокаліпсис сьогодні» вважається одним із найкращих фільмів про війну, коли-небудь знятих, незважаючи на відсутність історичної достовірності. Професор військової історії оцінив реалістичність фільму, поставивши йому оцінку 5 із 10.

Ще більш серйозний страх для здоров'я стався пізніше під час зйомок, коли Шин переніс серцевий напад під час зйомок у філіппінських джунглях, і його довелося доставити вертольотом до лікарні в столиці Манілі. «Їм довелося відвезти мене на гелікоптері», — згадує він зараз.