Епітопи можна розділити на категорії два основних типи, ті, що утворені сусідніми залишками, називаються (1) безперервними або послідовними, і (2) переривчастими, які інтегровані віддаленими залишками або елементами в послідовності антигену, які розташовані поруч із тривимірними складками…

Існує три типи епітопів: конформаційні, лінійні та розривні . Ця класифікація базується на його структурі та взаємодії з паратопом антитіла. Конформаційні епітопи утворюються шляхом взаємодії від’єднаних один від одного амінокислотних залишків.

Частина молекули, яка розпізнається антитілом і з якою воно зв’язується.

Антигени можна класифікувати на дві великі групи: екзогенні антигени (які надходять ззовні) та антигени, які надходять зсередини організму – ендогенні антигени, неоантигени та аутоантигени.

Більшість епітопів, що розпізнаються антитілами або В-клітинами, можна розглядати як тривимірні рельєфи поверхні молекули антигену; Ці рельєфи точно підходять один до одного і таким чином зв’язуються з антитілами. Частина антитіла, яка розпізнає епітоп, називається паратопом.

Невелика ділянка на антигені, з якою може специфічно зв’язуватися комплементарне антитіло, називається епітопом або антигенною детермінантою. Зазвичай він складається з одного-шести моносахаридів або п'яти-восьми амінокислотних залишків на поверхні антигену .