Було показано, що карагенан змінюють мікробіоту кишечника, зокрема A. муциніфілія, деградує слизовий бар'єр, провокуючи запальну реакцію. Він безпосередньо впливає на епітеліальні клітини, активуючи прозапальний шлях NF-kB.

Ці результати демонструють, що хоча карагенан може стимулювати через сигнальні шляхи TLR4, він ініціює запальну відповідь у цих клітинах, яка відрізняється від типового ендотоксинового ефекту, такого як стимуляція ЛПС, з точки зору змінених шляхів і генних продуктів, що свідчить про те, що активація TLR2/6 і TLR4/ …

Управління з контролю за якістю харчових продуктів і медикаментів США (FDA) схвалило використання добавки, але побоювання щодо її безпеки залишаються. Деякі вчені вважають, що карагенан може викликати запалення, проблеми з травленням, такі як здуття живота та хвороба подразненого кишечника (IBD), і навіть рак товстої кишки.

Деякі дані свідчать про це карагенан викликає запалення, виразки шлунково-кишкового тракту та пошкоджує травну систему. Люди звертаються з петиціями про те, щоб продукти, що містять карагенан, маркувалися попередженням або повністю видалялися.

Внутрішньосуглобове введення прозапальної сполуки карагенану при ОА та псевдооперованих контрольних колінах викликає короткочасне посилення болю в суглобах.

Харчова промисловість проти виключення карагенану зі складу своїх продуктів, як робить органічну їжу смачною та приємною на смак завдяки своїй жировій консистенції та прийнятному смаку. Вони вважають, що якщо видалити таку важливу добавку, люди можуть повністю відмовитися від органічних продуктів.