Експресія генів в еукаріотичних клітинах регулюється репресорами, а також активаторами транскрипції. Як і їхні прокаріотичні аналоги, еукаріотичні репресори зв’язуються зі специфічними послідовностями ДНК і пригнічують транскрипцію.

Регуляція транскрипції в еукаріот результат комбінованих ефектів структурних властивостей (як «упакована» ДНК) і взаємодії білків, які називаються факторами транскрипції. Найважливішою структурною відмінністю між еукаріотичною та прокаріотичною ДНК є утворення хроматину в еукаріотів.

Еукаріотичний клітинний цикл – це еволюційно збережений процес, який призводить до реплікації клітин. Це так жорстко регулюється та включає три основні контрольні точки: G1, G2/M та шпиндель (M). Ці контрольні точки контролюють порядок, точність і цілісність кожної фази клітинного циклу.

Експресія генів у прокаріотів регулюється лише на транскрипційному рівні, тоді як в еукаріотичних клітинах експресія генів регулюється на рівні транскрипції. епігенетичний, транскрипційний, посттранскрипційний, трансляційний і посттрансляційний рівнях.

Транскрипція і трансляція прокаріотів відбуваються одночасно в цитоплазмі, а регуляція відбувається на рівні транскрипції. Експресія еукаріотичних генів регулюється під час транскрипції та процесингу РНК, які відбуваються в ядрі, і під час трансляції білка, яка відбувається в цитоплазмі.

Ядро є центром управління клітини. Ядро живої клітини містить генетичний матеріал, який визначає всю структуру та функції цієї клітини.

Оперони рідко зустрічаються в еукаріотах, оскільки більшість структурних генів є моноцистронними. Але оперони знаходяться в таких нематодах, як C. elegans і плодова мушка Drosophila melanogaster. У еукаріотів відсутні оперони через те, що Регуляція генів є складною, тому важко підібрати гени для регуляції.