Електростатичні потенційні поверхні з PyMOL

1. Видаліть молекули розчинника. …
2. Відкрийте плагін APBS Tools. …
3. Клацніть вкладку APBS Location. …
4. Натисніть «Установити сітку».
5. Натисніть «Запустити APBS» і дочекайтеся завершення обчислення.
6. Перейдіть на вкладку Візуалізація та натисніть Оновити.
7. В області Molecular Surface натисніть «Показати».

… з командного рядка PyMOL

1. Відкрийте сценарій за допомогою PyMOL. Завантажте приклад сценарію PyMOL (PML). …
2. Запустіть сценарій за допомогою командного рядка PyMOL. Виконайте той самий приклад. …
3. Запустіть сценарій Python із PyMOLWiki. Завантажте та запустіть bbPlane.py з https://pymolwiki.org/index.php/BbPlane.

Щоб зробити це натисніть кнопку S у нижньому правому куті екрана (не описана вище кнопка «S»). Над вікном основної структури білка з’явиться текст – це послідовність білків плюс інші «літери».

Візуалізація електростатичної поверхні

1. Відкрийте файл pdb, а потім файл dx у pymol.
2. Перейдіть до плагіна -> інструменти apbs -> візуалізація.
3. Перейдіть на вкладку візуалізації.
4. Під молекулярною поверхнею натисніть Колір за потенціалом на золі. доступна поверхня.
5. Клацніть «Показати» та налаштуйте параметри від -10 кВ до 10 кВ і знову натисніть «Показати».

Якщо у вас є файли pdb, завантажені на ваш комп’ютер, PyMOL має розпізнати цей тип файлу та просто подвійне клацання піктограми файлу pdb відкриє PyMOL і відобразить файл pdb у вікні засобу перегляду. Крім того, якщо PyMOL уже запущено, можна скористатися меню «Файл» у вікні Tk, щоб відкрити файл pdb.

Відкрийте цей файл. Отже, у нас є цей конкретний файл для завантаження. Тепер введіть конвертер файлів SDF – PDB, який спрямує вас до різних.