Згідно з легендою, ковчег був доставлений до Ефіопії в 10 столітті до нашої ери після того, як був викрадений посохом Менеліка, сина цариці Савської та ізраїльського царя Соломона — який вважав крадіжку дозволеною Богом, оскільки ніхто з його людей не був убитий.

Згідно з 1 Самуїла 4, до битви Ковчег перебував у стародавнє святилище Шило, але був виведений ізраїльтянами в надії на перемогу у війні. Ізраїльтяни зазнали значної поразки; Офні та Пінхас, сини первосвященика Ілія, були вбиті, а ковчег захоплено.

Згідно з ефіопською традицією, Ковчег Заповіту зберігається в стародавньому священному місті Аксум. Століттями велика реліквія зберігалася в церкві Марії Сіонської, де, за записами, імператор Іясу бачив її та розмовляв з нею в 1691 році.

Згідно з Книгою Виходу, Бог доручив Мойсею побудувати ковчег під час його 40-денного перебування на горі Синай. Йому показали зразок для скинії та меблів Ковчега та сказали, що він буде зроблений із дерева шитим (також відомого як дерево акації), щоб розмістити кам’яні скрижалі.

Кажуть, що Ковчег Заповіту, копії якого зберігаються в кожній ефіопській церкві, знаходиться в Аксумі, у Головній Церкві Церков, Святая Святих, Діви Марії Сіонської..

Книга Одкровення в Новому Завіті стверджує, що Ковчег знаходиться в небесному Храмі. Найвідоміша історія про місцезнаходження Ковчега сьогодні полягає в тому, що він зараз знаходиться в Церква Богоматері Марії Сіонської в Ефіопії.