Зрештою, востаннє відмовившись допомогти йому, Шіндзі втрачає контроль і намагається її задушити. Цей висновок змушує молодого Ікарі бажати, щоб усі люди зникли, що Рей пропонує виконати.

Інші теорії також припускають, що Шіндзі в кінці Він стає таким собі богом, як Рей, і тому вдається отримати щастя з Аскою., тоді як інші коментують, що тепер обидва є частиною цієї родової раси, яка створила насіння життя: Адам і Єва.

Шіндзі стає пілотом EVA-01 і за час перебування в Токіо-3 він встигає подружитися і вирости як особистість. Його талант до пілотування та синхронізації з підрозділом 01 заслужив похвалу від командування NERV, організації, очолюваної його батьком.

Остання сцена. В останніх сценах з’являється образ планетарної сизигії, яку критики порівнюють із «2001: Космічна одіссея» Стенлі Кубрика. В останній сцені The End of Evangelion Шіндзі прокидається з Аскою на безлюдному пляжі; Шіндзі душить Аску, яка пестить його щоку .

Останній, Кіл Лоренц, який у людській формі, розчиняється в LCL, залишаючи позаду лише штучні імпланти, які були в його літньому тілі. Тим часом Гендо лежить на тому місці, де Рей залишила його, коли приєдналася до Ліліт, а його покійна дружина Юі та Кавору з'являються перед ним.

Вражений смертю Аски, Шіндзі пробуджує Підрозділ 01, звільнившись від більшої частини своєї броні. (який діяв як метод контролю Підрозділу), що спричиняє повернення оригінального Списа Лонгіна на Землю та розміщення перед шиєю Підрозділу 01.