Довжина праймера: Загальновизнано, що оптимальна довжина праймерів ПЛР є 18-22 п.н. Ця довжина є достатньо довгою для адекватної специфічності та достатньо короткою для того, щоб праймери легко зв’язувалися з матрицею при температурі відпалу.

Ідеальна довжина/розмір амплікону залежить від багатьох змінних і дизайнерських переваг. Для стандартної ПЛР вчені зазвичай розробляють амплікони між 200–1000 bp. Для кількісної ПЛР стандартні амплікони варіюються від 75–150 п.н.

Однак праймер не повинен бути занадто довгим (> 30-mer праймерів) або занадто коротким. Короткі праймери виробляють неточний, неспецифічний продукт ампліфікації ДНК і довгі праймери призводять до меншої швидкості гібридизації. У середньому фрагмент ДНК, який потрібно ампліфікувати, повинен бути в межах 1-10 кБ.

18-30 основ Довжина праймерів зазвичай 18-30 баз, тому що випадкова комбінація цього розміру праймера вразить менше одного разу на загальну геномну послідовність (3 мільярди пар основ). Наприклад, існує 1/4 шансу (4-1) знайти A, G, C або T у будь-якій даній послідовності ДНК.');})();(function(){window.jsl.dh( '9AfbZvbCG7WR4dUPxaTagQc__32','

18–28 п.н. Загальноприйнятою вважається оптимальна довжина праймерів 18–28 п.н в довжину. Якщо ви використовуєте зонди (наприклад, TaqMan®) у мультиплексній ПЛР, збільште цю довжину до 35 bp. Для оптимізації для SYBR® Green qPCR знайдіть праймери мінімальної довжини, які мають температуру плавлення (Tm) між 62 і 67 °C, з оптимальною Tm 63 °C.');})();(function(){ window.jsl.dh('9AfbZvbCG7WR4dUPxaTagQc__37','

близько 18-30 основ Хороша довжина праймерів для ПЛР зазвичай становить близько 18-30 баз. Специфічність зазвичай залежить від довжини та температури відпалу. Чим коротші праймери, тим ефективніше вони зв'язуються або відпалюються з мішенню.

Довжина праймера: Загальновизнано, що оптимальна довжина праймерів ПЛР є 18-22 п.н.