Деякі обмеження (недоліки) NSOM Надзвичайно довгий час сканування для зображень високої роздільної здатності або великих площ зразків. Дуже низька пропускна здатність отворів, менша за довжину хвилі падаючого світла — низька інтенсивність падаючого світла для збудження, проблема для слабких флуоресцентних молекул.

Скануюча оптична мікроскопія ближнього поля (NSOM). дифракція світла обмежує розмір плями, яка може утворитися при фокусуванні лінзою. Ця межа дифракції визначає максимальну роздільну здатність, можливу в звичайній мікроскопії, і часто апроксимується l/2, де l є довжиною хвилі збуджуючого світла.

Обмеження. Оскільки ОКТ використовує світлові хвилі (на відміну від ультразвуку, який використовує звукові хвилі), помутніння середовища може заважати оптимальному зображенню. Як наслідок, ОКТ буде обмежено у випадку крововиливу в склоподібне тіло, щільної катаракти або помутніння рогівки.

The дифракційна межа роздільної здатності є основним обмеженням в оптичній мікроскопії, але флуоресцентна мікроскопія з високою роздільною здатністю допомогла подолати це обмеження. До обмежень мікроскопів належать недоліки лінз, електронні нестабільності, тепловий шум і фактори навколишнього середовища, які розмивають зображення.

Є кілька обмежень флуоресцентної мікроскопії, наприклад:

• Фотовідбілювання. Процес, коли використовуваний барвник стає нефлуоресцентним через те, що його молекулярна структура змінюється в результаті впливу збуджуючого світла.
• Фототоксичність. …
• Неможливість показати морфологію оточуючих структур.

Ці обмеження роздільної здатності часто називають дифракційний бар'єр, що обмежує здатність оптичних приладів розрізняти два об’єкти, розділені боковою відстанню, меншою приблизно за половину довжини хвилі світла, що використовується для зображення зразка.