Обидва мутагенні праймери має містити потрібну мутацію та відпалювати до тієї самої послідовності на протилежних ланцюгах плазміди. де N не включає основи, які вставляються або видаляються. 4. Бажана мутація повинна бути розташована поблизу центру праймера, принаймні на відстані 10 основ від будь-якого кінця.

між 25 і 45 основами Відповідно до протоколу QuikChange Site-Directed Mutagenesis Kit (Stratagene), мутація повинна бути в середині праймера, а праймер повинен мати мінімальний вміст GC 40%, повинен завершуватися в одному або кількох C або основи G, має бути від 25 до 45 баз у довжину та мають температуру плавлення, близьку до …');})();(function(){window.jsl.dh('n0jRZvbbH67Kp84P_fff0QM__23','

Рекомендації щодо вибору грунтовки

• Довжина 20-30 нуклеотидів.
• Вміст G/C 50%.
• G & C «затискає» 5' і 3' кінці (принаймні один залишок G або C.)
• Уникайте кількох залишків тимідину на 3' і 5' кінцях.
• Уникайте праймерів з великими пробіжками (більше 4) однієї основи.

Ґрунтовка повинна мати температуру плавлення (Tm) вище 50°C, але менше 65°C. Праймер не повинен включати гомополімерні серії з більш ніж 4-5 нуклеотидів. Уникайте праймерів із вторинними структурами або потенціалом самогібридизації.

ПЛР-праймер. Поради щодо дизайну

• Прагніть до того, щоб вміст GC був між 40 і 60%, а 3' праймера закінчується на G або C для сприяння зв’язуванню. …
• Хороша довжина праймерів ПЛР зазвичай становить близько 18-30 основ. …
• Спробуйте зробити температуру плавлення (Tm) праймерів між 65°C і 75°C і в межах 5°C одна від одної.

Однак праймер не повинен бути занадто довгим (> 30-mer праймерів) або занадто коротким. Короткі праймери виробляють неточний, неспецифічний продукт ампліфікації ДНК і довгі праймери призводять до меншої швидкості гібридизації. У середньому фрагмент ДНК, який потрібно ампліфікувати, повинен бути в межах 1-10 кБ.